Die Europäische Städte-Koalition gegen Rassismus hat sich folgende Organisationsstruktur gegeben:
Die Mitgliederversammlung, die mindestens einmal jährlich stattfindet, trifft die wesentlichen Entscheidungen für die Koalition und wählt alle zwei Jahre den Lenkungsausschuss.
Der Lenkungsausschuss besteht aus 18 stimmberechtigten Mitgliedern und setzt sich aus 16 Vertreter/innen der Mitgliedsstädte sowie je einem Vertreter oder einer Vertreterin der UNESCO (Paris) und der Stadt Nürnberg zusammen. Er bereitet die Entscheidungen der Mitgliederversammlung vor und wählt aus seiner Mitte den Vorstand, der die Koalition nach außen vertritt.
