Im Bestand der Sondersammlungen befinden sich:

• Autografensammlung: ca. 10 000 Briefe und Briefkonzepte - Zeugnisse vom 16. Jahrhundert bis zur Gegenwart
• Pirckheimer-Papiere: Briefe und Manuskripte von 1496 bis 1530 aus dem Nachlass des Humanisten und Ratsherren Willibald Pirckheimer (1470-1530)
• Einband-Sammlung: ausgewählten Stücke bilden einen Überblick über die Entwicklung der Einbandkunst vom späten Mittelalter bis heute
• Exlibris-Sammlung: handschriftliche und künstlerische Besitzvermerke in Büchern
• Genealogica: Nürnberger Gelegenheitsschrifttum, aus Privatsammlungen übernommen 
• Kartensammlung: handgezeichnete Karten und Pläne von Nürnberg, Franken und Bayern ab dem 17. Jahrhundert, Dokumente zur Nürnberger Kartographie 
• 27 Vor- und Nachlässe von Gelehrten, Literaturschaffenden, Komponisten und Musikwissenschaftlern aus verschiedenen Epochen und mit unterschiedlichem Umfang